结构工程研究所创建于1978年，主要负责结构工程专业博士、硕士研究生培养、科学研究、科技开发和科技服务等工作。目前还负责福州大学“211工程”“土木工程新技术与防灾减灾”国家重点学科建设项目和福建省结构工程重点学科的建设任务。
结构工程研究所现有全职教师11名，其中特聘教授1名，教授（研究员）5名，副教授（副研究员）2名，研究实习员3名，教师中6人具有博士学位，5人具有硕士学位，在职博士生3人。现任所长为房贞政教授。
结构工程研究所现有研究方向包括：预应力结构，结构健康监测、诊断与加固，钢与组合结构，高性能混凝土结构，结构抗震与减隔震以及结构评估与加固等。近5年来，共承担国家及省部级各类纵、横向科研课题30余项（其中包括国家杰出青年科学基金1项，国家自然科学基金4项，中国博士后科学基金1项），年均科研经费200余万元。近5年来，获福建省科学技术奖一等奖1项，二等奖2项，三等奖6项，1人获得霍英东教育基金会高等院校青年教师奖（研究类）二等奖，3人次获得福建省运盛青年科技奖；发表学术论文200多篇，其中SCI检索20多篇，EI检索50多篇，出版学术专著、教材和设计手册等7部。
结构工程研究所承担了《弹塑性力学》（福建省首批优质硕士学位课程）、《结构动力学》、《高等预应力混凝土结构》等硕士、博士研究生课程，研究所每年招收博士生6名左右，硕士生30余名。研究所还招收博士后人员，目前已出站1名。