交通运输工程系主要负责本科交通工程专业和土木工程专业（方向二）的专业课程以及全院相关课程的教学工作。设交通工程教研室和交通土建教研室，全系共有教师22名，其中教授1名、副教授5名、讲师12名；具有博士学位的教师4名、具有硕士学位的教师14名；博士后3名、在读博士2名；硕士生导师5名。现任副系主任上官萍副教授。
交通工程专业从2004年开始招生，每年招收学生60名，现有在校生约240名；土木工程专业（方向二）每届约有学生60～100名。现有在校本科生约300名。
在教学方面，交通运输工程系承担完成多项省、校级教研教改项目，其中“桥梁工程”为省级精品课程（与桥隧所合作）；近年获得校教学成果一等奖、校优秀教材特等奖各一项，多人次获得校教学优秀一、二、三等奖。从1972年“道路与桥梁工程”四年制本科专业开始招生，到目前的土木工程专业（方向二），已培养近2000名合格毕业生，大多分赴到省内外交通行业的重要岗位，为省内外的公路、铁路和城市道路交通建设事业做出了积极的贡献。
在科研方面，交通运输工程系教师承担完成多项省级纵横向科研和科技开发项目，已有3项获得省级科技进步一、二、三等奖。全系教师积极参与土木工程和交通工程专业整体学科建设，努力为我省交通行业建设和社会经济发展做出积极贡献。