土木工程学院的前身为土木建筑工程系，成立于1958年。改革开放以来，土建系各项事业都有了很大的发展。1998年8月，福州大学以土建系为主成立土木建筑工程学院，2005年成立建筑学院后，更名为土木工程学院。学院现设有土木工程系、水利水电工程系、交通运输工程系等3个系以及结构工程研究所、桥梁与隧道工程研究所、岩土工程研究所、防灾减灾工程及防护工程研究所、水工结构工程研究所和工程结构福建省高校重点实验室等科研机构。

  土木工程学院现设有土木工程、交通工程、给水排水工程、水利水电工程等4个本科专业和8个二级学科硕士点、7个二级学科博士点，设有土木工程一级学科硕士点、博士点和土木工程博士后流动站。现有“土木工程新技术与防灾减灾”“211工程”国家重点学科建设项目、结构工程全国重点学科（培育）以及结构工程、桥梁与隧道工程和岩土工程等3个福建省重点学科。学院每年招收本科生380名，硕士研究生约100名，博士研究生约15名，工程硕士生和教育硕士生60余名。

  学院现有教职员工149名，双聘院士2名（范立础院士和林元培院士），专任教师100名，其中教授20名，副教授26名，高级工程师3名，具有博士学位的教师40名（另有在职博士生19名），具有硕士学位的教师51名。学院还聘有兼职教授23名，兼职副教授4名。