交通工程系主要负责交通工程和交通运输两个专业本科生的培养任务。交通工程专业于2004年开始招生，交通运输专业于2011年开始招生，现两个专业每年招生合计70名左右。
2012年,在土木工程一级硕士点和博士点下，申报成功了自主设置的交通安全与灾害防治工程硕士点和道路交通工程与灾害防治博士点；2014年，以福建省第一名的排名申报成功了交通运输工程专业型硕士点。
交通工程系现有教师12名，其中：教授2人、副教授3人、讲师7人；12名教师全部具有硕士以上学历和学位，其中具有博士学位的教师7人，在读博士学位的教师1人。现有教师中，有海外教育和研修经历的教师4人，并引进了加拿大工程院院士Said Easa教授、美国韦恩大学土木工程学院院长Joseph Hummer教授等国际交通界知名专家，为交通运输工程学科的的发展带来了前所未有的良好机遇，设立了进行学科国际化建设试点和实现学科跨越式发展的目标。现任系主任方捷教授、系主任助理赖元文副教授。
交通工程系近三年来承担了包括国家级、省部级在内的各类科研项目近20项，科研经费达四百万以上；发表学术论文30多篇。众多科研项目的开展，不但锻炼和加强了年轻教师的科研能力、学术能力和实践经验，而且丰富了课堂教学，使教学内容更生动形象，更能理论结合实际。
交通工程系主要由年轻教师队伍构成。全系上下团结协作，朝气蓬勃，奋发向上。不管是在教学工作上，还是在科研工作上，大家都表现出兢兢业业、一丝不苟、积极进取的工作态度，都在努力为交通工程系更好更快的发展贡献自己的一份力量。
